A Faculdade Estácio Cotia empenha-se na criação, execução e avaliação de um Projeto  Pedagógico Institucional que tenha, na educação permanente de seu Corpo Docente, Direção e Funcionários Administrativos, o suporte de uma gestão universitária voltada para os padrões de qualidade pertinentes a um ensino superior de excelência.Para tanto, busca em suas ações garantir a autonomia didático-pedagógica, científica e administrativa, dentro dos preceitos constitucionais de indissociabilidade entre ensino, pesquisa e extensão, com base nos princípios da liberdade de aprender, de ensinar, de pesquisar e divulgar o pensamento elaborado, a arte e o saber. Nas propostas relacionadas para a melhoria da qualidade da formação da educação superior também encontra-se a criação de formas efetivas de promoção do  pluralismo de idéias e de concepções pedagógicas dentro dos princípios de coexistência e aceitação do diferente.

Considera-se que essas ações estão coerentes com o objetivo de formar profissionais altamente qualificados em diversas áreas do conhecimento, aptos para a inserção no mercado de trabalho, com efetiva participação individual e coletiva na nova Economia e Sociedade do Conhecimento, além de suscitar o desejo do desenvolvimento do espírito científico, do pensamento reflexivo e da criação cultural, e estimular a busca permanentemente do aperfeiçoamento cultural e profissional tendo em vista a construção do conhecimento para solução de problemas do mundo presente, priorizando as questões ambientais, em particular as regionais e nacionais, e estabelecer com a comunidade uma relação de reciprocidade, na garantia de melhor qualidade de vida.

O projeto acadêmico está fundamentado no princípio da gestão democrática participativa. O envolvimento dos docentes nas atividades institucionais será a condição efetiva desta prática. As formas e as oportunidades são favorecidas pela administração, por colegiados, por comissões com competências definidas em Regimento. O texto regimental, propositadamente, não afasta a docência para o exercício de funções administrativas, mas privilegia a sala de aula, enquanto detentora da experiência vital necessária às funções de comando e coordenação em atividades educacionais. O PPI, na íntegra, encontra-se disponível na biblioteca da IES.